通常，SCI杂志 (尤其临床杂志)上的论文格式为文题(Title)、栏外文题(Running title)、摘要(Abstract)、关键词 (Keywords)、引言/背景(Introduction/Background))、材料(病人)与/方法(Materials(Patients) and Methods)、结果(Results)、讨论(Discussion)、致谢(Acknowledgements)，和参考文献(References)。所以这种格式也称为IMRAD (Introduction, Methods, Results And Discussion)格式。
也有许多偏基础的杂志将材料与方法放在讨论后面。这样的结构安排虽有“八股文”之嫌，但确实能让论文有条有理，从而方便读者快速查找他们感兴趣的信息。因此，在撰写论文前需要根据你的研究结果和所投杂志的格式来组织你的论文构架，包括方法及结果中各级标题(Headings and Subheadings)
(一) 文题
文题对于一篇文章的重要性，犹如一个人的脸面。人们阅读一篇论文往往是从论文的文题开始的。对于常用 PubMed 查找论文的同行尤其如此。好的文题需要具备以下几点：
1. 准确性：文题必须准确反映论文的核心内容，且具特异性和可检索性。文题不可超出或遗漏论文内容。
2. 简洁性：文题必须简明扼要，也就是说应以最少的单词来充分反映论文核心内容。
3. 语法的规范性：应使用有特异性的、常用的词汇，词序要正确，避免缩写、商品名和行业术语。尽量用直截了当的文题，避免主文题-副文题格式。
(二) 摘要
目前，大多数偏临床的杂志的摘要均采用 IMRAD 格式，其可理解为一篇高度浓缩的论文，正如莎翁所言：“This isthe short and long of it”。当然，有些偏基础的杂志的摘要是叙述式的，但基本结构顺序与上述一致，只是无需详细描述结果。最好最后才写摘要，因为此时基本要素已在正文描述，只需要精心去“make the short of it”。一篇好的摘要应该让读者快速准确地掌握论文的基本内容，确定其是否与读者感兴趣的课题有关，从而决定是否继续阅读全文。
无论结构式或叙述式，一篇好的摘要须符合以下标准：1. 一般不超过 250 字2. 阐明主要目的和研究范围3. 简要描述所用方法4. 总结研究结果5. 给出主要的结论切记：千万不要给出在正文中没有给出的结论。还有，摘要中不应有参考文献和图表。
(三) 引言
引言部分首先要交待所研究课题的现状，然后点出目前尚未解决的问题，也就是你为什么要做该研究课题，这是最重要的。在引言中，需要描述或定义课题中常用的主要术语。但引言不是综述，往往只需点到为止，而不应无限度展开。总之，交待现状、提出问题是引言的主要任务。随后，便是研究的目的。
(四) 材料(病人)和方法
材料与方法应该说是论文中最容易写的部分。但对于写惯中文论文的作者(中文论文方法部分常常无需完整句子或三言两语，无需参考文献或对方法的论证)，这部分却是审稿人最容易提出问题的部分。在实验过程中积累的方法步骤可以放在这部分，但必须以完整句子的形式简洁、准确描述，而不是记流水账。要明确提供材料包括试剂、细胞、动物的来源。方法的描述最好为下面结果的描述打下伏笔，以保持论文的一致性并方便读者阅读。尽量采用大标题(Headings)和小标题(Subheadings)逐步描述。有些成熟的方法，简述即可，并引用相关参考文献。但如果是自创方法，则应详细描述，尤其提出改进点和注意点，以表明其创新性。
(五) 结果
结果的描述顺序最好与方法的一致。宜采用相应的大标题(Headings)逐步描述。所有有关的试验或观察指标应以适当的形式表达，但应该高度精练。信息量大的和/或非重要结果可以总结在表中，重要结果或信息量小的结果可用图表示。具概括性的结果表述或对有统计学意义或生物临床重大意义的结果表述应体现在正文中。相应的图表最好放在这些结果表述句末的括号中。
(六) 讨论
中国作者撰写 SCI 论文最大困难就是不会写讨论，这与写惯中文论文不无关系(中文论文的讨论部分往往要么像综述似的喋喋不休，要么重复结果中的描述却毫无分析讨论可言)。其实，“讨论”应该紧紧围绕该研究的结果(The results of the present study)。你应该对你的结果做出合理的解释和推断，必要时要将你的结果与他人的研究结果进行比较。如有不同结果，需找出(推测)结果不同的原因。事实上，研究结果没有绝对的对和错，但你的推测一定要符合逻辑。论文之所以有价值不是因为你做了大量的工作，得到了大批的结果，而在于它的新意，即新观察，新发现、新方法、新观点、新见解、新理论(假设)等等。因此，你在讨论时一定要突出你论文中的新意和亮点。临床研究的新意在于新疗法，新诊断，新观察;基础研究的新意则在于新方法，新发现和新理论(假设)。任何新理论(假设)都是建立在大量的研究基础上的，但每项研究都有添砖加瓦的作用。所以，如果你的研究是基础研究，你应该在讨论中结合你的结果和他人的相关结果有逻辑性的提出新的理论(假设)。这样你的论文才有份量。这就是我常讲的“一点之见即成文!”
(七) 致谢
这部分往往包括两个部分。第一是基金来源。有的杂志要求将这部分放在首页。基金来源对于结题非常重要，因而需要仔细填写，以确保基金单位和基金号的准确。另一部分是对所有在课题设计、实验过程以及论文撰写中有帮助但其贡献还不足以成为共同作者的单位和个人的感谢。
(八) 参考文献
有了 PubMed，再加上一些参考文献管理软件如 Endnote，查找、转抄和整理参考文献不再困难费时，而且，也不再容易出错。但参考文献的格式一定要根据目标杂志进行调整，因为不同杂志对参考文献格式有不同的要求。
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