想在学术界混就得发表尤其是在知名SCI期刊上发表论文，一晃科研生涯二十多年了，这么多年我写作、投稿了不少SCI期刊，和这些期刊的编辑和审稿人也是来来往往，在此以自己和帮助他人在SCI期刊成功发表论著、综述、假设和病例报道各种类型的论文的经历来谈谈写好SCI论文、选好拟投期刊、回复好审稿人的一些技巧。
要想写好SCI论文，多读文献是关键。俗话说：熟读唐诗三百首，不会作诗也会吟。我在海德堡大学攻读博士期间读了不下大几百篇文献，特别是精读两百篇左右在高水平的期刊尤其是Cell, Nature, Science上发表的论文，记下读书笔记，对文章的研究思路，研究路线，技术方法，结果分析等方面一一解析，最后总结文章的创新点，为何能发，有哪些可以学习借鉴，并要求自己用一两句话并尽可能用一个model图概括该文特色，也就是take home message，记到本子上，下次看就可以一目了然，提纲挈领，便于记忆。事实上，自2010年起，Cell杂志开始要求作者投稿时提供graphical abstract,勾勒出该文的要点，以便读者一目了然领会文章的贡献和意义，也正是出于此意，如今要求投稿时提供graphical abstract和在发表论文时同时刊出graphical abstract的杂志越来越多。
写好论文后就要选刊投稿了，选刊的关键是看自己的研究结果和意义与本领域哪些杂志所发文章处于类似的水准。如果经常读文献，这点不难，没事就浏览一下本领域的每个杂志的要目table of contents, 感兴趣的title就点击看看摘要，大概就对自己的文章水平略知一二了。自己的博士课题做出了一个比较有意义的新发现，觉得投十多分的Nature Cell Biology，Genes Development一档的杂志比较有戏，自己很快根据Nature Cell Biology杂志的要求并精读了该杂志最近发表的两篇同领域的论文作为范文写了初稿，给导师修稿后就投稿了。得到评审意见是要补充新数据，我们补充了一些，但是有些数据无法很快补充，针对所研究蛋白的抗体很不容易制备，我们在回复信中进行了辩解，二稿投出后莫名其妙被编辑直接拒绝了，并没有送一审专家再审。在投Genes Development之前，我想还是碰碰运气投稿Science，在等待审稿的同时尝试一些新试验以替代必须要有抗体才能进行的试验。可喜的是预审通过（Science预审会直接淘汰大约75%稿件不送出审稿），一个多月得到外审意见，要求对我们提出的model给出更多证据支持，这个任务在当时的实验室条件下很难达到，而且我也想早点毕业，只得放弃。很快就投了保底的杂志Genes Development。一个月得到意见，accept dependent on revision，只有3个月修回期限。好在要求补充的一些试验就是我们预计到的正在补的，补充的试验虽然有挑战性，经过艰苦摸索进展顺利。3个月后投出修回稿接受了。整个投稿过程回头看，受益匪浅。其实如果我们先就补了一些数据，也许Nature Cell Biology会接受，不过Genes Development公认是发育生物学领域的No.1，所以也不足为惜。这篇文章发表一年多就被引用10多次，还被University of North Carolina at Chapel Hill的研究生课程DevelopmentalGenetics列为选读文献。另外就是学会了正确看待审稿人的意见，一般来说审稿人意见是比较负责的，可以说没有评审意见，文章质量不会上到一个高度，自己看自己评，总是有局限性，所谓当局者迷，旁观者清，就是这个道理。Peer review系统饱受争议这么多年，还是在采用说明其存在的合理性。
人总是有点惰性，力图发高水平SCI论文会逼迫自己去写、改、构思和补充试验，通过上述的过程我的能力提高不少，发表在Genes Development的论文我和导师共享通讯作者。博士毕业后我觉得自己有能力独立投稿，所以就想以自己博士论文前言部分为基础，结合最近的一些本领域的好文章（包括自己的这篇文章），写篇综述来评论本领域的进展。自己不是大牛，导师也帮不上忙，不可能得到一流杂志的编辑来邀请我撰稿，所以我就自己查拟投杂志，找到Cellular and Molecular Life Sciences这个杂志感觉比较对口，IF有5分多（自己虽然不完全认同IF，但是大家都以此为参照，所以在选刊时也得考虑）。在投稿时自己有信心，因为看了一些该杂志最近发的文章知道水平和我的差不多，果然接到审稿意见基本接受，要求修稿，这是第一次独立修稿和写回复信，更是锻炼也是宝贵的经验，文章得以发表。
下一步比较有挑战性，我经过多年肿瘤研究的积累，以及博士期间对新领域发育生物学的学习，开始关注胚胎发育和肿瘤发生之间的类似性，并着手写篇综述阐述我的新假设：即一个胚胎发育中重要的信号通路可能在肿瘤发生尤其是转移中有意义。在选刊时同样是浏览期刊，找出最近发表的类似的文章做参考，这次我选择了Molecular Cancer Therapeutics杂志，该杂志为全球最大的肿瘤研究协会美国肿瘤研究协会（AACR）主办，IF 5分。因为我提出的新假设涉及不同领域，得到的3个评审专家意见，一个可能对本领域不熟悉，提出很多负面评价，另外两个则提出很好的评价。在写回复信时我坚持立场对第一个专家意见做出辩解，对另外两个专家的建设性意见致谢和采纳。文稿修回后很快接受发表。2009年8月第8期登出不久，就收到素不相识的美国卫生研究院下属的美国肿瘤研究所一研究室主任（本领域一大牛）给我的email 评价我的综述 very nice。9月份的AACR网上期刊Cancer Review Online也收录我的文章，主编对我的文章给予150余字的评价。发表半年多就收到世界各地的几十个研究人员来信索取全文，迄今6年多根据Scopus检索被引用92次，包括这些牛期刊Cell, Nature Genetics, Nature Reviews Cancer, Nature Reviews DrugDiscovery, PNAS, Cancer Research, Clinical Cancer Research, Oncogene, Stem Cells Development, Development等等。以上两篇综述文章都是一投就基本接受，没有费力再投其他杂志。我觉得选好拟投杂志很关键，不要盲目投稿浪费时间精力。目前来说一篇稿件不经修回直接接受的可能性微乎其微，所以投稿前要有充分的思想准备如何修回，并尽早开始。修回过程很有必要，确实能提高文章质量，所以有时候审稿人的意见貌似很挑剔，其实长远来看是对自己有益。当然对于明显不对的意见要敢于争辩，最终文章是否接受的决定权在编辑而不是审稿人。
目前全球科研经费紧缩，所以选择拟投期刊还要注意审稿费和版面费。要求审稿费的SCI期刊实在不多，前面谈到的期刊Cellular and Molecular Life Sciences是瑞士的一家公司出版，主要以综述为主，每期有少量研究论著（就我个人理解综述类杂志的IF一般高些，现在越来越多的比较权威的传统杂志如Cancer Research, Development等也纷纷开辟综述专栏，要知道以前这些杂志只登原始论著基本不登综述，真所谓与时俱进）。我当时投稿时综述类不需要版面费，但是限定只给2个彩图，2个以上彩图就要收彩图费。所以我在描绘图的时候就制定2彩图，1黑白图，就一分钱不花啦。在我投稿前述肿瘤的综述时，也是煞费苦心，力求投入产出比最佳。很多杂志要求除了约稿外都要版面费，我还没机会得到约稿，只好放弃。最后选择投稿Molecular Cancer Therapeutics，在网上投稿时有栏目要填是否能支付版面费，我写明本综述在于总结现有研究现状，提出新假设，以便为申请基金开展此类研究打下基础，目前本人没有任何基金资助本综述所涉及的内容，所以不能支付版面费。最终免掉了400多美金版面费。
一个朋友的硕士论文托我帮忙评估，其课题是研究某生理条件下基因转录调控的一些机制。虽然研究不深入，但是有siRNA试验和几个指标觉得还是有戏。朋友写了英文初稿，在我的建议下改了几次，投了4个杂志IF在1-3之间，有的直接被编辑拒稿，有的经过审稿被拒主要意见是据太肤浅，要求补数据，当时的条件补数据也不现实。最后试投英国杂志Cell Biochemistry Function（当时IF 1分多，现在升到2分多）。出人意外，两个审稿人第一个审稿意见很好，只要求对一些语句进行修改和补些文献，没有要求只是建议补些数据。而第二个审稿人可能是对领域不熟或者没费心审，负面意见多，并提出很多疑问。看来编辑主要看好第一审稿人的意见，决定accept upon revision and satisfactory response。在回复信中致谢第一审稿人，仔细解释了为何该建议的试验无法实行，请其理解。对第二审稿人的问题逐一解释。修回第一稿后大约3周得到二审意见，第一审稿人满意修改建议接受，而第二审稿人还是对第一次的问题纠缠不休，还针对文章内容提出一个明显错误的质问。我心中暗喜，这个傻问题编辑应该能辨别出来吧。在第二次的回复信中直接对第二审稿人意见反驳。不到两天就收到接收函，果然编辑看到了第二审稿人的纰漏，都没有再外审就决定直接接受啦。所以如果你的审稿意见中有意见露出破绽或者明显不着边际，那要恭喜你啦。一般来说编辑看到审稿人打错板子，那他也许会给你相对的补偿或者说同情心，只要有一个审稿人说好，那你文章也许就有戏接受啦。还有一点体会就是不同审稿人确实水平和态度都参差不齐，其实这些审稿人也许就是我们中的一员，一些很小的因素很影响审稿意见，所以大家如果盯着SCI低分杂志，只要时间允许，就一定要多投几家，屡败屡战，直到成功。当然也不要太盲目，瞎投乱投，至少要靠谱。这次投稿因为朋友的课题是国家自然科学基金资助的，版面费不是问题。他还担心怎么汇版面费给国外杂志呢，哪知道出版社只收彩图版面费，我就劝朋友把纸质版的彩图变黑白，而网络版的还是彩图，一点不影响效果，这样他一分银子未花，就发了SCI。
这一原则同样适合另一实例。一个临床医生有点基础研究的数据在国内杂志发了，但是一直没有条件深入机制研究。根据最近文献他提出一些有趣的假设来解释一种疾病的致病机制，但是没条件做试验验证（可惜呀，如果真验证出来了绝对是十多分的文章）。我建议投Medical Hypothesis, IF 1分多，按杂志要求整理好格式，条理清楚，逻辑严密，满怀希望投出。谁知被主编拒稿，说不符合杂志征稿范围。也许太基础啦。这下很沮丧，因为假设类的文章不象综述，很少有杂志登。这么好的假设和精心绘制的模型图就这样放弃实在不甘心。我就费心逐个杂志浏览，大海捞针，发现一个基础医学的杂志IF 5分多，不定期发些假设类的文章，但不是每期都发，而且每期登载的文章一起就4-5篇，朋友很没信心。不管三七二十一，试试看吧。这家杂志审稿很慢，投稿一个月还没消息，催问后才说要列出2个审稿人，初生牛犊不怕虎，我帮忙找到两个本领域专家（老外）。又过了一个月，还没反应，再次催问，编辑部说两个审稿人拒绝审稿因为和作者熟悉，这怎么可能，这些专家拒绝审稿也不要用这种理由呀。编辑部要求再找3个审稿人，于是再推荐几个专家。这家杂志倒是很认真，真找了3个审稿人（我个人审稿经验来看一般杂志看2个审稿人意见就定夺了），但是不是推荐的就不得而知啦。3周后得到意见：第一个没作任何好坏评价，只是说要补充很多材料，加入更多的背景介绍这种疾病，以便让基础专业的读者了解医学背景；第二个说假设不错，但要求多介绍些该蛋白的分子生物学最新进展；第三个连连说好，要求修饰一些用词。编辑要求至少有3个图，而且如果是引用别人的图要联系原作者和原出版社征得版权。原来想这就是一个假设，没必要写的象综述，所以只做了一个假设模型图。针对意见，多花点时间看文献，模仿别人的图但是加入一些自己的东西，重新作图就不必去和作者联系版权了。修回稿加了很多内容和2个图达到要求的3个图，现在几乎是篇综述了，更利于读者理解本假设（初稿是按Medical Hypotheses格式写的，篇幅不长）。修回稿投出很快就得到接收函，没有要求再改任何语言。原来目标是1分多的，最后成功发表5分多杂志，真是意外之喜呀！所以一个杂志拒稿不一定是坏事，留得青山在，不愁没柴烧，文章的idea好，还是有市场。还有就是这类文章（假设综述类）只要得到修回机会就是成功了一半，因为这些文字修改只要下苦功总是能完成的，只是时间和周折问题。而试验论著遇到编辑和审稿人要求补充数据，不一定就能做出所期待的数据，就不能保证文章修回后能接受了。
最后，我分享临床常见的病例报道（case report）的一次投稿经历：case report不要轻易放弃作为letter来发表。2014年圣诞节后元旦前复旦大学附属医院皮肤科的一位医生来信咨询说她的一篇病例报道投稿2分多的Journal of Dermatology不幸拒稿，杂志建议修改后作为letter to editor的形式重新投稿，但是letter to editor是书信形式的，篇幅会缩减为不到500单词，国内很多单位是不承认这种形式的书信为论著的。我建议她不要轻易放弃而屈服于编辑的要求改为letter形式投稿，我看到该杂志还有一种concise communication的投稿方式，虽然不是原始论著但是也可以算为研究简报而不是letter，字数也可以是1500单词，可算为研究论著的，逐帮她写了一份申辩信发给编辑，辩解不以letter形式而是以concise communication形式投稿的理由，并对论文从布局、组织到语言等进行加工。修回稿投出后一个多月收到接收函，同意以concise communication形式接受和发表此篇case report，正是不要轻易放弃，自助者天助也！
来源：小木虫论坛
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